【blastp使用教程】在生物信息学中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个广泛使用的工具，用于比较生物序列之间的相似性。其中，`blastp` 是 BLAST 的一个子程序，专门用于将蛋白质序列与蛋白质数据库进行比对。本教程旨在为初学者提供一个清晰、实用的 `blastp` 使用指南。
一、blastp 简介
`blastp` 是基于蛋白质-蛋白质比对的工具，适用于以下场景：
- 比较未知功能的蛋白质序列与已知功能的数据库中的蛋白质
- 寻找同源蛋白或推测功能
- 分析基因家族或进化关系
该工具通过算法快速找到与输入序列高度相似的已知序列，并给出比对结果和统计信息。
二、blastp 基本流程
1. 准备输入文件：包含目标蛋白质序列的 FASTA 格式文件。
2. 选择数据库：如 NCBI 的 nr、Swiss-Prot、PDB 等。
3. 设置参数：包括 E-value、匹配分数、过滤器等。
4. 运行 blastp：通过命令行或网页界面执行。
5. 分析输出结果：查看比对结果、得分、E-value、序列相似度等。
三、blastp 常用参数说明
| 参数 | 说明 | 默认值 |
| `-query` | 输入的蛋白质序列文件（FASTA格式） | 必须指定 |
| `-db` | 目标数据库名称（如 nr、swissprot） | 必须指定 |
| `-evalue` | 显示的阈值，越小越严格 | 10 |
| `-outfmt` | 输出格式（如 6 表格格式） | 7（默认文本） |
| `-num_threads` | 使用的线程数 | 1 |
| `-word_size` | 搜索词长度 | 3 |
| `-gapopen` | 开启空位罚分 | 11 |
| `-gapextend` | 延伸空位罚分 | 1 |
四、blastp 命令示例
```bash
blastp -query input.fasta -db nr -evalue 1e-5 -out output.txt -outfmt 6
```
此命令表示：
- 使用 `input.fasta` 中的序列进行比对；
- 数据库为 `nr`；
- 设置 E-value 为 1e-5；
- 输出结果保存为 `output.txt`，并以表格形式显示。
五、blastp 输出解读
`blastp` 的输出通常包含以下字段：
| 字段 | 含义 |
| query id | 输入序列的 ID |
| subject id | 匹配数据库中的序列 ID |
| % identity | 序列相似度百分比 |
| alignment length | 对齐长度 |
| evalue | 显著性评分 |
| bit score | 得分 |
| qstart, qend | 查询序列的起始和结束位置 |
| sstart, send | 受体序列的起始和结束位置 |
六、注意事项
- 确保输入文件格式正确（FASTA）。
- 数据库需要预先下载并构建索引。
- 若需提高搜索速度，可适当调整 `word_size` 和 `num_threads`。
- 结果中 E-value 越小，表示匹配越显著。
七、总结
`blastp` 是一个强大而灵活的工具，适用于蛋白质序列的比对与功能预测。掌握其基本操作和参数设置，可以帮助研究者快速获取生物学意义的信息。建议结合实际需求调整参数，并合理解读输出结果，以提高研究效率。
| 工具 | 功能 | 适用场景 |
| blastp | 蛋白质-蛋白质比对 | 功能预测、同源识别、进化分析 |